De club ontstond op 6 juni1933 als fusie tussen Tondela Football Club uit 1925 en Operário Atlético Clube uit 1932. In 1999 degradeerde Tondela uit de Terceira Divisão en speelde tot 2005 in de regionale competitie in het district Viseu. Dat jaar werd de club kampioen en won de regionale beker. In 2009 won de club de Terceira Divisão en promoveerde naar de Segunda Divisão. Daar werd de club in 2012 kampioen en promoveerde naar de Segunda Liga, de op een na hoogste divisie in Portugal. In 2015 werd de club kampioen en promoveerde naar de Primeira Liga.
Tot 1999 stond de Primeira Liga bekend als de Primeira Divisão. De Segunda Liga kende in de loop der tijd meerdere namen en heet sinds 2020/21 Liga Portugal 2. Ook het 3e niveau kende verschillende namen en heet sinds 2021/22 Liga 3.